局部皮肤反应例如：红斑、糜烂、剥脱/剥落和水肿是很常见的。严重的皮肤反应一旦发生，用药部位应用弱碱肥皂和水将乳膏剂洗掉，皮肤反应恢复后可重新再用5%咪喹莫特乳膏剂。少数患者也有肌痛、流感样症状、头痛、腹泻等全身反应均为轻度和中度。

(1)需要经医生指导后使用。本品为外用药，应避免与眼接触。 (2)治疗部位不需用绷带等覆盖。 (3)5%咪喹莫特乳膏剂可减弱避孕套的避孕效果，因此在用药时应避免性接触。 (4)对于包皮过长的男病人，目前尚无推荐的治疗方案，故不推荐这种病人使用。 (5)在用药部位及周围皮肤的反应，例如红斑、剥脱/剥落、糜烂和水肿是很常见的。大部分皮肤反应是轻度和中度，严重的皮肤反应一旦发生应及时报告医生。 (6)病人需知道，在治疗期间新的疣有可能长出，因为5%乳膏剂不能治愈疣。大于75岁或小于18岁年龄范围的人群没有用药经验。