多数病人在治疗过程中无任何不良反应。用药数次后，临床上可能出现的不良反应多为轻、中度的局部皮肤炎症反应，如局部皮肤可出现红斑、水肿、糜烂、溃疡、脱屑、灼热、疼痛、瘙痒等；偶有短暂低热，以上症状停药后均能迅速恢复，如反应轻微，可继续用药；若反应严重应及时停药并就医。据国外资料报道，与咪喹莫特乳膏可能有关的不良反应包括：用药部位不适；疣体部位反应(灼烧、色素沉着、发炎、瘙痒、疼痛、皮疹、敏感、溃疡、刺痛、压痛)；远侧部位反应(出血、灼烧、瘙痒、疼痛、压痛)；全身反应：疲劳、发热、流感样症状 。

咪喹莫特乳膏用于治疗尿道内、阴道内、宫颈内、直肠内或肛内的人乳头瘤病毒疾病尚未进行评价，因此不推荐用于这些适应症。 本品的常见局部皮肤反应有红斑、糜烂、脱皮和水肿。有可能发生严重的局部皮肤反应，应用中性皂和水将用药部位乳膏清洗掉。皮肤反应减轻后，可恢复使用咪喹莫特乳膏。没有有关用其它皮肤类药物治疗生殖器/肛周疣后立即使用咪喹莫特乳膏治疗的临床经验，因此，在用任何药物或手术治疗生殖器肛周疣其组织恢复后方可推荐使用咪喹莫特乳膏。咪喹莫特乳膏有可能加重皮肤炎症反应。 5%咪喹莫特乳膏对生殖器/肛周疣的传染性的作用尚不清楚。 患者在使用5%咪喹莫特乳膏时应接受以下信息和指导： 1.请避免过量使用本品。 2.治疗局部不可用敷料封包。 3.用药期间避免性接触(生殖器官、肛门或口)，包括使用避孕套的性生活，咪喹莫特可能会降低避孕套的功效。 4.建议用药6-10小时后，用中性皂和清水将药物洗去。 5.未行包皮切除术者，若疣患发生在包皮内，应每天将包皮上翻清洁。 6.如出现严重不良反应，应及时就诊。 7.在医生的指导下使用该药。局部破损处应避免使用本品，避免接触眼睛、口、鼻等部。