多数病人在治疗过程中无任何不良反应。用药数次后，临床上可能出现的不良反应多为轻、中度局部皮肤炎症反应，如红斑、水肿、糜烂、溃疡、脱屑、灼热、疼痛、瘙痒等；偶有短暂低热，以上症状停药后均能迅速消除。如反应轻微，可继续用药；若反应严重应及时停药并就医。 据国外资料报道，约超过1%的患者可能发生与咪喹莫特乳膏可能有关的不良反应，包括：用药部位不适：疣体部位反应（灼烧、色素沉着、发炎、瘙痒、疼痛、皮疹、敏感、溃疡、刺痛、压痛）；疣体周边部位反应（出血、灼烧、瘙痒、疼痛、压痛）；全身反应：疲劳、发热、流感样症状；中枢和周围神经系统不适：头痛；胃肠系统不适：腹泻；肌-骨胳系统不适：肌痛。

目前尚未对咪喹莫特乳膏治疗尿道内、阴道内、宫颈部、直肠或肛管内的人乳头瘤病毒感染进行评价，因此不推荐用于上述适应证。 本品的常见局部皮肤反应有红斑、糜烂、脱皮和水肿。若发生严重的局部皮肤反应，应用中性肥皂和水将用药部位乳膏清洗掉。皮肤反应减轻后，可恢复使用咪喹莫特乳膏。没有关于用其它药物治疗尖锐湿疣后立即使用咪喹莫特乳膏治疗的临床经验，因此，在用任何药物或手术治疗尖锐湿疣后，待局部创面恢复后方可推荐使用本品。咪喹莫特乳膏有可能加重皮肤炎性反应。 患者在使用5%咪喹莫特乳膏时应遵循下列指导： 1．治疗局部不可用敷料封包。 2．用药期间避免性接触（生殖器官、肛门或口），包括使用避孕套的性生活（咪喹莫特乳膏是否可有预防尖锐湿疣传播的作用目前尚不清楚，且其可能会减低避孕套的功效）。 3．建议用药6-10小时后，用中性肥皂和清水将药物洗去。 4．未行包皮环切术者，若尖锐湿疣发生在包皮内，应每天将包皮上翻后清洁。 5．如出现严重不良反应，应及时就医。 6．在医生的指导下使用该药。局部破损处应避免使用本品，避免接触眼睛、口、鼻等部。