在对照性临床研究中，最常报道的非索非那定的不良反应是头痛、嗜睡、恶心、头昏、疲倦。这些不良反应与安慰剂组观察到的相似。其中嗜睡和疲倦发生率为1.3%，恶心和消化不良发生率为1.6%，头痛和白细胞增多发生率为1.5%。目前尚未见到有关非索非那定引起严重心脏毒性的报道。 对于季节性过敏性鼻炎患者(≥12岁)的超过1%不良反应为：痛经和背痛。 对于季节性过敏性鼻炎患者(6-11岁)的超过2%不良反应为：咳嗽、上呼吸道感染、发热和中耳炎。 对于季节性过敏性鼻炎患者(6个月至5岁)的超过2%不良反应为：呕吐，腹泻，嗜睡/疲倦和流涕。 对于慢性原发性荨麻疹患者(≥12岁)的超过2%不良反应为：头晕、背痛、胃部不适和四肢疼痛。 上市后罕见报道的病例有：失眠、紧张、睡眠紊乱或做恶梦、以及过敏反应(包括全身性过敏、荨麻疹、血管神经性水肿、胸闷、呼吸困难、皮肤红肿、瘙痒和皮疹)。

肝功能不全者不需减量，肾功能不全的患者剂量需减半。