随着持续的治疗可能会减少不良反应发生的强度和频率，不良反应一般不会导致治疗的中断。同其它SSRIs一样，不良反应如下：全身：过敏(例如搔痒、皮疹、风疹、过敏反应、脉管炎、血清反应、颜面水肿等)、寒战、五羟色胺综合症、光敏反应、中毒性表皮坏死溶解（Lyell综合症）非常罕见，多形性红斑。消化系统：胃肠功能紊乱(例如腹泻、恶心、呕吐、消化不良、吞咽困难、味觉颠倒)、口干。肝功能检测异常少有报道，肝炎鲜有报道。神经系统：头痛、睡眠异常(例如梦境反常、失眠)、头晕、厌食、疲劳(例如困倦、睡意)、欣快、短暂的动作异常(例如抽搐、共济失调、战栗、肌阵挛)，抽搐发作及罕见的精神性运动不安。幻觉、躁狂反应、混乱、兴奋、焦虑及有关症状(如紧张)，专心及思考行为减弱(如人格障碍等)、攻击(这些症状可以是由于潜在疾病造成的)，五羟色胺综合症非常罕见。泌尿生殖系统：尿潴留、尿频。生殖紊乱：性功能障碍(延迟或缺少射精、性高潮缺乏)、阴茎持续勃起症、泌乳。其他：脱发、呵欠、视觉异常(如视力模糊、瞳孔散大)、瘀癍、出汗、血管舒张、关节痛、肌痛、体位性低血压、瘀斑。其他出血性表现（例如妇科出血、胃肠道出血和其他皮肤或黏膜出血）罕有报告。一过性低血钠：停服本品时极少数病人出现一过性低血钠(包括血钠低于110mmol/L)并表现在停止氟西汀后可逆。某些病例可能是由于抗利尿激素分泌失调引起。多数报道见于老年人及服用利尿药的患者或其它原因导致体液耗竭的患者。呼吸系统：咽炎和呼吸困难。肺部不良事件罕见（包括不同组织病理学炎症过程和/或纤维化）。呼吸困难可能是唯一先出现的症状。

未满18岁儿童和青少年在临床试验中，抗抑郁药治疗组与安慰剂对照组相比较，更容易发生自杀相关行为（自杀企图和自杀想法），敌对行为（主要是攻击、对立行为和发怒）。本品只适用于治疗8岁至18周岁儿童和青少年的中重度抑郁发作，不用于其他适应症。如果根据临床需要应当给予本品治疗，在治疗过程中应小心观察自杀性症状的表现。涉及青少年长期用药安全性（包括对生长发育、性成熟、认知、情感和行为的发展影响）的资料很有限。在一个为期19周的临床研究中发现，服用氟西汀减少青少年的身高和体重增加（见不良反应）。尚未确定氟西汀是否影响这些人达到正常成年人的身高。氟西汀对青春期发育影响的可能性不能排除（不良反应）。在治疗过程中及治疗后应注意监测青少年的成长发育指标（包括身高、体重和TANER发育阶段）。如发现其中某项落后于正常发育，应转诊儿科医生处理。在儿科的临床试验中常发现躁狂和轻度躁狂病例（见不良反应）。建议对躁狂和轻度的躁狂的发生进行定期监查。如发生躁狂，立即停药。医生在处方时应详细与儿童/青少年患者和/或其父母讨论治疗的利弊。