中枢神经系统：如头痛，神经质，失眠，目眩，头重脚轻和出汗等。 胃肠道：如恶心，腹泻，口干和厌食。 约有4%的病人会发生皮疹或荨麻疹。一旦出现皮疹或其它不能解释的过敏反应，应立即停药。约有1%的病人服用氟西汀后发生躁狂或轻躁症。对于有自杀意图的高危病人，在治疗期间应严密监视，必要时住院治疗。氟西汀慎用于有过敏反应史、心脏梗塞和其它未经控制的心血管疾病、惊厥性疾病、糖尿病及肝、肾功能不全的患者。

因本药半衰期较长，故肝肾功能较差者或老年病人，应适当减少剂量。有癫痫史者、妊娠或哺乳期妇女慎用。儿童应用时应遵照医嘱。如出现皮疹或发热，应立即停药，并对症处理。不宜与单胺氧化酶抑制剂（MAOI）并用 ；必要时，应停用本药5周后，才可换用单胺氧化酶抑制剂（MAOI）。