在已报告的伊曲康唑的不良反应中常见胃肠道不适，如厌食、恶心、腹痛和便秘； 少见的副作用包括头痛、可逆性肝酶升高、月经紊乱、头晕和过敏反应（如瘙痒、红斑、风团和血管性水肿）。有个例报告出现了外周神经病变和Stevens-Johnson综合症（重症多形红斑），但后者的原因不明。 已有重要的潜在病理改变并同时接受多种药物治疗的大多数患者，在接受伊曲康唑胶囊长疗程（约一个月以上）治疗时，可见低血钾症、水肿、肝炎和脱发等症状。

1.对持续用药超过1个月的患者，以及治疗过程中出现厌食、恶心、呕吐、疲劳、腹痛或尿色加深的患者，建议检查肝功能。如果出现异常，应停止用药。 2.伊曲康唑绝大部分在肝脏代谢，因而肝功能异常者慎用（除非治疗的必要性超过肝损伤的危险性）。 3.当发生神经系统症状时应终止治疗。 4.对肾功能不全的病人，本品的排泄减慢，建议监测本品的血浆浓度以确定适宜的剂量。 5.育龄妇女使用本品时应采取适当的避孕措施。 6.胃酸降低时，会影响本品吸收。需接受酸中和药物治疗者，应在服用伊曲康唑胶囊至少2小时后，再服用这些药物。