1-3%的患者会出现腹泻、恶心、腹部不适、头痛、呕吐及皮疹，如荨麻疹和湿疹。偶见超敏和药物引起的发热。罕见肌肉和关节疼痛、暂时脱发、红斑狼疮样反应、气短、影响肝肾功能、心肌和胰腺炎及血液指标改变。这些不良反应中的一些症状也可能与疾病本身有关。

对柳氮磺胺吡啶过敏者也可能对本品过敏，这些患者可能是对水杨酸类药物有过敏危险。肝或肾功能损害者慎用。不建议本品用于肾损害的患者。应定期监测患者的肾功能(如血清肌酐)，特别是在治疗初期。如患者在治疗期间出现肾功能障碍应怀疑美沙拉秦引起的中毒性肾损害，可能出现出血、青肿、咽喉痛和发热、心肌炎、气短伴随的发热和胸痛。若出现上述不良反应，应酌情停止治疗。