推荐剂量下不良反应极少，为一过性不安和失眠。 在临床试验中，观察到以下不良反应： 神经系统 ：常见：头晕（2.1%）、震颤（2.1%）；不常见：疲劳（1%）。 精神障碍：常见：睡眠障碍（6%）、不安（2.5%）、躁动（1.7%）. 视觉功能障碍：常见：调节障碍（1.5%）。 胃肠道不适：常见：口干（5.4%）、便秘（1.5%） 以上不良反应也可见于抑郁症本身的症状，一般来说，这些症状削弱了抑郁状态的改善。 上市后情况：有出现胆汁淤积性肝炎的个例报道。

以下病人使用本品时需谨慎给药：器质性脑损伤、惊厥抽搐、尿潴留、甲状腺功能亢进、帕金森综合征、重症肌无力、肝脏疾病晚期、心血管及其他循环系统疾病。 由于其兴奋特性，不推荐激动和过度活跃的病人服用本品。若病人已预先使用了具镇静作用的安定剂，应逐渐停用。若非抑郁症状已有明显减轻，抑郁症病人仍有自杀的危险。治疗期间，有自杀倾向的病人不应得到大量药物。基于其他精神类药物有过报道，本品可能会改变胰岛素和葡萄糖耐量，这就要求糖尿病患者使用本品时要调整降糖药的剂量。 患有闭角性青光眼、前房变浅的患者，使用本品会刺激瞳孔扩大，导致青光眼急性发作。局部麻醉时同时使用三环、四环抗抑郁药物会增加发生心律失常、低血压的风险。如果可能，在外科手术前几天就停止使用本品，如果在不可避免的情况下实施急诊外科手术，一定要告知麻醉师之前接受抗抑郁药物治疗的病史。 与其他抗精神病药相同，氟哌啶吨可能造成QT间期延长。持续延长的QT期间可能增加恶性心律失常风险。因此，易感个体（低钾血症、低镁血症或遗传素质）以及心血管病史患者（如QT间期延长、显著心动过缓（<50搏/分）、近期急性心肌梗死发作、失代偿性心力衰竭或心律失常）需谨慎使用氟哌噻吨。应避免与其他可能造成QT间期延长的抗精神病药的联合治疗（见【药物相互作用】）。 本品辅料中含有无水乳糖。具有罕见遗传性半乳糖不耐受、Lapp乳糖 =酶缺乏或葡萄糖-半乳糖吸收不良的患者建议不应妇用本品。如同所有的神经抑制剂一样，服用本品罕见发生神经抑制综合征（可能致命）。 非常罕见的情况下，尤其是氟哌噻吨治疗初期，可能出现锥体外系症状。当神经抑制剂如氟哌噻吨用于长期治疗时，可能发生不可逆的迟发性运动障碍。 患者长期服用氟哌噻吨时，需要定期检查心里和神经状态、血细胞计数和肝功能。 已有关于使用抗精神病药物引起静脉血栓栓塞（VTE）的病例报道。由于接受抗精神病药物治疗的患者经常出现VTE风险因素，本品治疗之前和治疗期间应明确所有可能的VTE风险因素并采取预防措施。 由于病情和服用本品均能削弱患者的注意力和反应力，服用本品的患者不得开车或操作危险的机器。