眼部用药常见的不良反应为结膜刺激、流泪、角膜炎和乳头状结膜炎，发生率约为5～10％。发生率在1～4％的不良反应为球结膜水肿、结膜充血、眼干、流泪、眼部刺激、眼部疼痛、眼睑水肿、头痛、红眼、视力减退和味觉紊乱。

1、本品只限于滴眼用，不能结膜下注射使用，也不能直接注入眼前节。 2、包括加替沙星在内的喹诺酮类药物全身给药（如口服和静脉给药）偶尔可出现严重的不良反应，有些患者在第一次用药后出现。一些反应伴随着心衰、意识丧失、血管性水肿（包括喉头、咽、面部水肿）、气管梗阻、呼吸困难、荨麻疹、瘙痒。出现过敏症状，立即停药。 3、避免使用接触镜，避免眼晴、手指和其他物品污染容器瓶口。 4、像其他抗生素一样，长期应用可能导致非敏感菌如真菌的过度生长，如出现二重感染应停止使用本品，改变治疗。