局部应用本品一般无不良反应，偶见局部烧灼感、蜇刺感及瘙痒等，一般不需停药。偶见对莫匹罗星或其软膏基质产生皮肤过敏反应，如皮疹、肿胀（有时出现在面部或口腔，严重者可引起呼吸困难）或虚脱。已有报告显示莫匹罗星软膏引起全身性过敏反应，但非常罕见。如出现上述不良反应，应去医院就医。

1. 如使用一疗程后症状无好转或加重，应立即去医院就医。 2. 感染面积较大者，去医院就医。 3. 本品辅料为聚乙二醇，大量聚乙二醇可能引起肾损害，因此当皮肤大面积破损，特别是合并肾脏疾病的患者，应避免使用本品，并去医院就诊。 4. 本品仅供皮肤给药，请勿用于眼、鼻、口等黏膜部位。 5. 本品请勿用于身体插管处附近的皮肤。 6. 误入眼内时用水冲洗即可。 7. 有中度或重度肾损害者慎用。 8. 孕妇慎用。 9. 哺乳期妇女慎用，尚不清楚本品的成份是否可进入乳汁，使用前请咨询医师。哺乳期妇女涂药时应防止药物进入婴儿眼内。如果是在乳头区域使用，请在哺乳前彻底清洗。 10. 使用本品前、后应洗手。使用本品过多时，应将多余软膏擦去。如果不慎吞入本品，应咨询医师或药师。 11. 本品应按用法用量足疗程使用，在感染未被完全治愈前，不要在症状消失时过早停止治疗。 12. 对本品过敏者禁用，过敏体质者慎用。 13. 本品性状发生改变时禁止使用。 14. 请将本品放在儿童不能接触的地方。 15. 儿童必须在成人监护下使用。 16. 如正在使用其他药品，使用本品前请咨询医师或药师。