所观察到氢溴酸西酞普兰的副作用通常很少，很轻微且短暂。最常见的不良反应有：恶心、出汗增多、流涎减少、头痛和睡眠时间缩短。通常在治疗开始的第一或第二周时比较明显，随着抑郁状态的改善一般都逐渐消失。在稀有个案中曾观察到癫痫发作。在已存心搏缓慢病人中，心搏过缓可使治疗更复杂。

服用单胺氧化酶抑制剂的病人不可同时使用氢溴酸西酞普兰片。停用单胺氧化酶抑制剂十四天后方可使用氢溴酸西酞普兰。但如使用半衰期短的可逆单胺氧化酶抑制剂，如吗氯贝胺，则可于停药一天后使用氢溴酸西酞普兰。肝功能不全的病人应以低剂量开始治疗，并仔细监测。因解除抑制的作用可先于抗抑郁作用，所以病人在出现明显抑郁缓解之前仍可能持续存在自杀的可能性。如病人进入躁狂期，应停用氢溴酸西酞普兰，并给予精神抑制药(如珠氯噻醇(商品名：高抗素))以作适当治疗。对驾驶及操作机械能力的影响：氢溴酸西酞普兰对认知性及精神运动性行为甚少或无影响。