由于王氏保赤丸含有朱砂，即硫化汞，会在体内积蓄导致慢性水银中毒，损害神经系统、肾脏、生殖系统等，现在已不建议给小儿服用。此药中大黄和巴豆亦为有毒成分，不可长期服用。由于王氏保赤丸具有显著的胃肠动力作用，故对饮食过度、饮酒过量、胃食道返流、食道炎、胃炎等所引起的上腹部不适、腹胀嗳气、恶心呕吐等有良好的治疗效果。王氏保赤丸常服有健脾胃、助消化、增强体质之功。