小剂量单独使用(<1.0μg/d)一般无不良反应，长期大剂量用药或与钙剂合用可能会引起高钙血症和高钙尿症。偶见食欲不振、恶心、呕吐、及皮肤瘙痒感等。

1.用药过程中应注意监测血钙、血尿素氮、肌酐，以及尿钙、尿肌酐。2.青年患者只限于青年特发性骨质疏松症及糖皮质激素过多引起的骨质疏松症。3.出现高钙血症时须停药，并予有关处理，待血钙恢复正常，按末次剂量减半给药。4.超大剂量服阿法骨化醇软胶囊可能出现胃肠道系统、肝脏方面、精神神经系统、循环系统等方面的不良反应，如：胃痛、便秘、GOT及GPT升高、头痛、血压轻度升高等。