恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等胃肠道反应；皮疹、药物热和哮喘等过敏反应；贫血、血小板减少、嗜酸性粒细胞增多等；血清氨基转移酶可轻度增高；由念珠菌或耐药菌引起的二重感染；偶见兴奋、焦虑、失眠、头晕以及行为异常等中枢神经系统症状。

青霉素类口服药物偶可引起过敏性休克，尤多见于有青霉素或头孢菌素过敏史的患者。用药前必须详细询问药物过敏史并作青霉素皮肤试验。如发生过敏性休克，应就地抢救，予以保持气道畅通、吸氧及应用肾上腺素、糖皮质激素等治疗措施；传染性单核细胞增多症患者应用本品易发生皮疹，应避免使用；疗程较长患者应检查肝、肾功能和血常规；类似其他广谱抗生素，有可能发生由非敏感的微生物（如白色念珠菌、绿脓杆菌）引起的双重感染，尤其是慢性病患者和自身免疫功能失调者。疗程较长患者应检查肝、肾功能和血常规。阿莫西林可导致采用Benedit或Fehling试剂的尿糖试验出现假阳性。下列情况应慎用阿莫西林胶囊：(1)有哮喘、枯草热等过敏性疾病史者。(2)老年人和肾功能严重损害时可能须调整剂量。