临床研究中，成人最常见的不良反应是胃肠不适，如恶心、消化不良、腹痛呕吐和腹泻，其它不良反应包括头痛、味觉异常和肝转氨酶短暂升高。很少有报道称，克拉霉素造成肝功能异常，如肝转氨酶升高、黄疸或无黄疸的肝细胞性和/或胆汁淤积性（药物性）肝炎，这种异常可能会很严重但经常是可逆转的。极少数有肝坏死的报道，且多与严重疾病和/或同服其它药物有关，罕见胰腺炎和惊厥报告。极少病例引起血清肌酐浓度升高，但原因不明。口服克拉霉素，曾有发生过敏反应报告，轻者为荨麻疹和轻度皮疹，重者为过敏和Stevens-Johnson氏综合症或毒性表皮坏死。曾有发生短暂性中枢神经系统的不良反应报告，包括头昏、眩晕、焦虑、失眠、噩梦、耳鸣、意识模糊、定向力障碍、幻觉和精神病，但因果关系不清楚。有报道表明，克拉霉素会导致可逆转的失聪、味觉改变和味觉失调。克拉霉素治疗期间，会发生舌炎、胃炎、口腔念球菌和舌无色。也有牙变色的报告，但牙变色可通过专业牙科逆转。极少有发生低血糖症的报告，有些是同服降血糖药或胰岛素造成。极少会发生白细胞和血小板减少症。与其他大环内酯类药物类似，克拉霉素很少会导致Q-T间期延长，心律失常如室性心动过速，室颤和充血性心力衰竭，免疫低下患者。对AIDS和其他免疫低下的病人采用较高剂量的克拉霉素长期治疗分支杆菌感染时，很难区分副作用究竟是克拉霉素造成还是HIV病症或并发症。对成年患者，克拉霉素每天总剂量为1克时的最常见不良反应是：恶心、呕吐、味觉失调、腹泻、皮疹、胃气胀、头痛、便秘、听觉障碍、SGOT和SGPT升高，白细胞和血小板数减少，较少患者还出现BUN升高。

警告：医生在考虑给妊娠尤其是妊娠三个月的妇女服用克拉霉素时，应仔细权衡其利弊。据报道，几乎所有的抗生素包括大环内酯类可能会导致轻度至危及生命的假膜性大肠炎。克拉霉素主要由肝脏排泄，因此，对肝功能损伤的病人用药应谨慎，中度至严重肾功能损伤的病人使用本品应注意。应注意克拉霉素和其它大环内酯类药物的交叉耐药性。如林可霉素和克林霉素。