轻度腹泻是应用本药治疗最常见的副反应（发生率约7％），一般会在治疗后的最初几天内出现，多数情况下会随着继续治疗而自动消失。上腹疼痛的发生率为3-5％，恶心或呕吐则少于1％。服用本药偶尔会导致尿液颜色变黄，这是本品的特性，无任何临床意义。

肾功能不全会影响双醋瑞因的药代动力学，因此建议在这种情况下（肌酐清除率＜30ml/min）减小剂量。饭后服用双醋瑞因可以提高它的吸收率（大约24%）；另一方面，严重的营养不良会降低双醋瑞因的生物利用度。副反应（例如加速肠道转运）的发生率直接与未吸收的双醋瑞因的量有关，在禁食或摄入食物很少时，服用本品会增加副反应的发生率。泻药不应和安必丁共同服用。