与少数不能耐受柳氮磺胺吡啶的病人类似，主要副作用有恶心、腹泻、腹痛、胃烧灼感、纳差、腹胀、腰痛、便秘、月经不调和个别报道的头痛。以往服用柳氮磺胺吡啶使结肠炎病情加重者亦应子啊使用本品前予考虑，罕有报导出现白细胞减少、血小板减少、中性白细胞减少、胰腺炎、肝炎、心包炎、心肌炎、牙槽炎、剂型间质性肾炎、肾病综合症及肾衰，停药后各种症状即消失，治疗期间出现肾衰迹象，应考虑药物导致肾中毒的可能性。未发现在服用柳氮磺胺吡啶时出现的骨髓抑制、精子量减少及活动度抑制的情况。

美沙拉秦在体内以代谢物N-乙酰基-5-氨基水杨酸的形式，通过肾脏快速排泄。尽管在服用本品的病人中尚未发现肾脏损害，但对伴有肾功能不良者仍不推荐使用。对伴有血尿和高蛋白尿的患者也应慎用。