对过敏性结膜炎的患者，应用酮咯酸氨丁三醇滴眼液最常见的不良反应是在滴用时有暂时的刺痛及烧灼感。据报告，约40%使用酮略酸氨丁三醇滴眼液的患者曾出现此类反应。在各种开放式研究中，报道的在使用酮咯酸氨丁三醇滴眼液治疗期间的其他不良反应包括：眼刺激(3%)，过敏反应(3%)，浅层眼部感染(0.5%)及浅层角膜炎(1%)。其他少见的不良反应有：眼部干燥，角膜浸润，角膜溃疡，头痛及视物模糊。

某些非类固醇抗炎药，由于干扰血小板聚集，因而存在延长出血时间的潜在作用。曾有报道眼手术时，局部应用非类固醇抗炎药，可增加眼组织出血(包括眼前房出血)。对已知有出血倾向的患者或因接受其他可致出血时间延长的药物的患者，建议慎用酮咯酸氨丁三醇滴眼液。配戴接触镜时不得使用酮咯酸氨丁三醇滴眼液