临床试验表明，最常见的是头痛和胃肠道症状如：腹泻、恶心、便秘，发生率均在1~3%。多见（〉1/100）全身：头痛。胃肠道：腹泻、恶心/呕吐、便秘、腹痛及腹胀。较少发生。全身：头痛、嗜睡、乏力。中枢神经系统：睡眠紊乱、感觉异常。皮肤：皮疹、瘙痒、荨麻疹。肝脏：肝功能试验异常。罕见 （《1/1000）。全身：头晕、嗜睡、乏力。过敏反应：血管水肿、发热及过敏性休克。血液学：白细胞减少症、血小板减少症、粒细胞缺乏症、全血细胞减少症。中枢神经系统（尤其是重症患者）：可逆性精神错乱、易激惹、抑郁、攻击和幻觉。内分泌：男子女性型乳房。胃肠道：口干、味觉异常、口炎、念珠菌病。皮肤：脱发、光过敏、多形性红斑。肝脏：肝性脑病（先前有严重肝病者），黄疸性或非黄疸性肝炎、肝衰竭。呼吸道：支气管痉挛。肌肉骨骼：关节痛、肌痛、肌肉疲劳。泌尿生殖系统：间质性肾炎。眼睛：视力模糊。有报道发现个别病例有史蒂文斯-约翰逊综合征及中毒性上皮坏死，但未确定有因果关系。临床试验提示，奥美拉唑与克拉霉素联合用药可增加中枢神经系统（主要是头痛）及胃肠道不良反应的发生率。

1、当怀疑有消化性溃疡时，应尽早通过X线、内镜检查确诊，以免治疗不当。 2、治疗胃溃疡时，必须排除恶性肿瘤。 3、当确诊或怀疑为胃溃疡，或有以下一种或几种警示症状发生时，必须排除恶性肿瘤。因用本品治疗可掩盖其症状，从而延误诊断：显著的无意识的体重减轻，反复呕吐，吞咽困难，吐血或黑便。本品对胃肠道的运动异常无效。 4、对经内镜确诊为食管炎而长期服用奥美拉唑的患者，每天10毫克治疗较每天20毫克治疗的缓解率低，因此每天服用10毫克者应定期进行内镜监测。