激素和抗感染联合药物的副作用既可来自激素成分，也可来自抗感染成分，或者二者的联合使用。没有准确的不良反应发生率的资料。眼用妥布霉素最常见的不良反应有： 局部的眼毒性和过敏反应，包括眼睑刺痒、水肿、结膜充血。这些不良反应仅在不到 4% 的患者中出现。与眼用的其它氨基糖苷类抗生素的不良反应类似的其它不良反应尚未报道。但如果在全身使用氨基糖苷类药物时合用眼部的妥布霉素就应该监测血清中药物的浓度； 与激素成份有关的不良反应有： 眼内压升高并可能导致青光眼、偶尔有视神经的损害，后囊下白内障形成和伤口愈合延迟； 二重感染： 在合用抗生素和激素后可能发生二重感染，长期合用激素后极易发生角膜真菌感染，对于使用激素后出现的角膜顽固性溃疡应该考虑真菌感染。由于宿主的免疫抑制也可能导致继发细菌感染。

请勿将瓶口接触任何物体的表面，因为这样会污染瓶内液体。使用本品期间不应配戴隐形眼镜。 不能用于眼部注射。一些患者可能对局部使用的氨基糖苷类药物过敏，如果发生过敏则应停药； 长期使用眼部激素可导致青光眼、损害视神经、视力下降、视野缺损、后囊下混浊的白内障。使用过程中应该常规的监测眼压，甚至是眼压测量困难的儿童和不合作的患者也不例外。长期使用激素可以抑制宿主的免疫反应，可能增加继发严重的眼部感染机会。在一些导致角膜、巩膜变薄的病变中使用激素可能导致眼球穿孔的发生。在眼部急性化脓病变时，激素可能掩盖感染并加重已经存在的感染； 长期使用激素后应该考虑到有角膜真菌感染的可能性。和其它抗生素一样，长期使用可能导致非敏感微生物的过度生长，包括真菌。一旦二重感染发生，就必须开始适当的治疗。当需要多种治疗或当临床判断提示有二重感染时，患者就应该进行荧光素角膜染色和裂隙灯生物显微镜的检查； 尚无任何有关本品的致癌性或致突变性的评估报告。给老鼠皮下注射妥布霉素 50 mg 和 100 mg/kg/天的研究中，未发现对生殖力有不良影响； 药物应放置在儿童接触不到的地方； 与其他氨基糖苷类抗生素可发生交叉过敏； 运动员慎用。